常見的水生微生物：真菌、細菌、原生動物、噬菌體。水生微生物在生態(tài)系統(tǒng)中的地位非常重要，它們主要起到分解的作用。若沒有水生微生物，那么動植物殘體、排泄物等無法循環(huán)，物質將被鎖在有機質中不能被生產(chǎn)者利用，會導致整個生態(tài)系統(tǒng)崩潰。

　　細菌、真菌，如：放線菌、腐生菌、原生動物。它們以不同的碳水化合物，包括糖、淀粉、有機酸、纖維素、半纖維素等作為能源。

　　細菌是重要的分解者，他們分布很廣而且可以分解有機物，一公克的土壤通常包含4千萬個細菌細胞，而且地球上的細菌形成一種生物量，這種生物量是超過全部現(xiàn)存的植物和動物，細菌在滋養(yǎng)物的循環(huán)是重要的，而許多滋養(yǎng)物的循環(huán)是依靠生物。

　　不同于細菌，真菌是單細胞生物，大多腐生營養(yǎng)真菌會增加分歧網(wǎng)狀系統(tǒng)的菌絲。細菌的增生是被限制而且吃暴露在表面的有機物，真菌可以使用他們的菌絲去穿透較大的有機物質。